市國投公司主要負責歷欠債權投資項目和歷欠借款的管理及清收工作；負責“巴南、巴達、巴陜”高速公路建設資本金籌集、支付及其股權管理、“巴達”鐵路股權管理、“樂巴”鐵路股權轉讓；負責南江及平昌8宗土地權屬做實和管理工作；負責化解財政系統債務等遺留問題；負責以市國投公司為項目業主的融資及建設工作。