綜合部（安全管理部）：主要負責日常事務的綜合管理與協調、會議組織與安排、創文創衛、疫情防控、信訪穩定、印章管理、食堂管理、車輛駕駛管理、網站信息管理和辦公場地安全等工作；負責規劃發展相關工作。
       黨群工作部（人力資源部）：主要負責黨建及黨風廉政建設、監督執紀及反腐敗、人力資源管理、鄉村振興和群團等工作。
       財務部：主要負責財務管理、財務核算、稅務籌劃和工程竣工決算審計等工作；負責投融資及擔保等工作；負責把控業務部門財務風險。
       審計風控部（法律事務部）：主要負責經營風險評估及應對、各類合同協議審查、內部審計、成本效益監管、法務管理和依法治企等工作。
       資產運營中心：主要負責資產招租、維修和安全等工作；負責資產產權辦理和管理；協助市國資運營集團化解歷史遺留問題（土地增減掛鉤、土地整理、債權清收）和資產抵押融資等工作。
       國資采購服務中心:主要負責為全市國有企業物資、服務、工程采購提供代理服務；負責陽光采購系統運營和管理；負責專家庫建設和管理等工作；負責工程造價咨詢等全過程咨詢業務拓展相關工作。
       市國投公司工程管理部：主要負責工程項目可研、報批、招標、工程合同和檔案管理等工作；負責項目實施過程中安全、質量、投資進度控制、現場調度等各方面管理；負責工程竣工驗收及移交等工作。
       市國投公司遺留問題化解辦：主要負責歷欠債權投資項目和歷欠借款的管理及清收工作；負責“巴南、巴達、巴陜”高速公路建設資本金籌集、支付及其股權管理、“巴達”鐵路股權管理、“樂巴”鐵路股權轉讓；負責南江及平昌8宗土地權屬做實和管理等工作。